三佛齐遣使来华，请求朱元璋派使臣前去册封他们的新国王。朱元璋欣然应允，可是令他意想不到的是自己派去册封三佛齐王印绶的明朝使臣全部被爪哇诱而杀之。

由于路途遥远，几年以后朱元璋才知道自己派出去的使者都被爪哇人杀了，龙颜大怒的朱元璋却也拿爪哇国没有办法。最终只能“留其爪哇使月余，将加罪，已，遣还，赐敕责之”，结果造成了“使臣商旅阻绝，诸国王之意遂尔不通”。

可以这时候没有一支强大的海军，使得朱元璋的宏图伟业无法实现，连皇帝也必须受气，忍气吞声。

朱元璋在吃了海军实力弱的亏之后，便开始着手建设一支强大的水师。但是这支强大的水师直到他去世前也没有建设完毕。建文帝跟朱棣争权的四年又耽误了大明海军的建设，等到了朱棣顺利登基之后，大明海军才步入了建设的正轨。

永乐年间，大明国力日渐强盛。在这一时期内，朱棣开始着手重组远洋巡防舰队。其实远洋巡防舰队早在洪武七年春正月就开始组建了，朱元璋死后，明朝陷入长达四年的靖难内战之中，在内战当中这支新生的远洋巡防舰队随即覆灭。

朱棣登基后便下令重建远洋巡防舰队，到了永乐六年十二月底的时候，朱棣完成了远洋巡防舰队的重建工作，并从编制体制上强化了对沿海各省海警卫舰队的控制和管理，明朝水师恢复了“远洋近海岸基”的三层防御体系。

实战是检验战力的唯一标准，远洋巡防舰队第一次大展神威是发生在与安南的对战当郑当时的安南权臣黎季犁在诛杀前国王后自立为王，公开与明朝武装对抗，试图摆脱藩属国的地位而独立。为了打击安南的嚣张气焰，朱棣一方面委任张辅为为征讨安南的总兵官，率领数十万明军去征讨安南另一方面则是派遣郑和率领强大的舰队远下南洋。

南下的郑和舰队，首先到了占城给予占城国王强大的军事支持，迫使原本在北部抵抗张辅的安南士兵南下。陷入南北作战的安南在几年之后便再一次被纳入了中国的版图，而郑和继续踏上了南下的道路。

永乐四年六月郑和舰队到达爪哇岛，当得知在爪哇岛明朝官兵受到了爪哇西王的伏击，170人被杀，郑和立即组织大部队前去救援，并准备讨伐西王。

宽宏大量的朱棣知道这件事后，“赐敕切责之，命输黄金六万两以赎。六年再遣郑和使其国。西王献黄金万两，礼官以输数不足，请下其使于狱。帝曰：朕于远人，欲其畏罪而已，宁利其金耶？悉捐之。自后，比年一贡，或间岁一贡，或一岁数贡。”

自知不敌大明远洋海军的爪哇国王，选择了归顺明朝，从而丧失了对南洋、西洋地区的贸易垄断地位。

以郑和为首的大明远洋海军，所取得的成就还不止这些。在旧港，郑和消灭了海盗陈祖义集团，设立旧港宣慰使司，成为明朝在南洋地区的最高行政机构。

永乐六年，郑和第二次南洋，在锡兰山与其国王亚烈苦奈儿发生了武装冲突。在冲突平息之后，亚烈苦奈儿及其妻子官属被明军俘虏，锡兰士兵向明军投降。

永乐十年，郑和第三次南洋，在苏门答剌遭到了与苏门答剌新国王敌对的苏干刺军队的袭击。郑和指挥明军还击，大败苏干刺并将其活捉，最终凭借着这支强大的海军，朱棣实现了自己与父亲重建朝贡体制的战略目标。

无敌是最寂寞的，没有对手之后，大明朝政策禁海，就没有必要维持这么一支强大的水师了，大明水师日渐荒废，取消了远洋舰队，不过他们依然是这一区域最强的