各大宗教相背离，自然也不会受到主流社会的欢迎。

所以在沙卜尔和长子霍尔米兹德说死后，白赫兰一世继位后立刻反对父兄的政策，在拜火教僧侣集团的支持下对摩尼教大肆进行迫害。

摩尼本人被关入监狱饱受酷刑，并在61岁那年2月27日被杀害于监狱之中。传说他被剥皮而死，然后被填上稻草悬挂的城门上。

而他死后教徒受到大规模迫害和屠杀，摩尼的继任者，当时的法王西斯也受到肢解的酷刑被处决，随后很多教徒逃往国外，在北非，西亚，欧洲和中亚建立的教团。

摩尼教拥有着庞大的教团组织，内部通常分为五阶，第一阶是12名光明使者，第二阶是72名护法，第三阶是360名长老。第四阶是普通的僧人，第五阶才是普通的信徒。

从这个设置上能看出12的光明使者应该就是模仿基督教的12使徒，而把信徒分为神职人员和一般的普通线图可能受到佛教的影响。

这一宗教在世界各地的传播，引起了各国统治者和主流宗教的严重不安和警惕，在各自国内展开了迫害行动。

至于这一宗教虽然向西传播到叙利亚，巴勒斯坦，埃及，小亚细亚，希腊，意大利和法国等地，向东传播到了中亚阿姆河流域，但最终几乎全部被镇压了下去。

大约在公元1000年左右，摩尼教在这个世界上几乎被彻底的消灭殆尽，而只有华夏存在着这一宗教的信徒和教团组织。